分税制改革。延用包干体制下的中央地方财政支出范围；将税种统一划分为中央税、地方税和中央地方共享税；核定地方净上划中央收入基数，实行税收返还和1：0.3增量返还；逐步建立较为规范的转移支付制度。

证券交易印花税中央与地方分享比例由50：50改为80：20。后将税率从3‰调增到5‰增加的收入全部作为中央收入，并从2000年起,分三年将证券交易印花税分享比例逐步调整到中央97%、地方3%。

金融保险营业税税率由5%提高到8%后，提高3个百分点增加的收入划归中央；2001年起，分三年将金融保险业的营业税税率降至5%，中央分享部分随之取消。

所得税收入分享改革。除铁路运输、国家邮政、四大国有商业银行、三家政策性银行、中石化及中海油等企业外,其他企业所得税和个人所得税收入实行中央与地方按统一比例分享。2002年所得税收入中央与地方各分享50%；2003年以后中央分享60%、地方分享40%。中央因改革所得税收入分享办法增加的收入全部用于对地方主要是中西部地区的一般性转移支付。为了保证所得税收入分享改革的顺利实施，妥善处理地区间利益分配关系，规定跨地区经营企业集中缴纳的所得税，按分公司（子公司）所在地的企业经营收入、职工人数和资产总额三个因素在相关地区间分配。

出口退税负担机制改革。以2003年出口退税实退指标为基数，对超基数部分的应退税额，由中央和地方按75：25的比例共同负担。2005年对出口退税负担机制做出进一步完善，在维持2004年经国务院批准核定的各地出口退税基数不变的基础上，超基数部分由中央、地方按照92.5：7.5的比例分担；出口退税改由中央统一退库，地方负担部分年终专项上解。

跨省市总分机构企业所得税分配办法。属于中央与地方共享收入范围的跨省市总分机构企业缴纳的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法，总分机构统一计算的当期应纳税额的地方分享部分，25%由总机构所在地分享，50%由各分支机构所在地分享，25%按各地2004-2006年企业所得税占全国地方企业所得税的比例进行分配。