财政部从1999年底开始启动政府收支分类改革的研究工作。设计新的政府收支分类体系主要遵循三个基本原则：一是公开透明。确保按新科目编制的预算符合市场经济条件下公共财政的基本要求，既要说得明白，也要让一般老百姓看得懂。二是符合国情。既要合理借鉴国际经验，实现与国际口径的有效衔接与可比，又要充分考虑我国目前的实际情况，尽可能满足各方面的管理需要。三是便于操作。科目设计在内容和层级设计上既要充分满足管理的要求，又要尽可能简化，不能太复杂。

收支分类改革包括两个方面的内容：一是扩大收支分类范围。原来的预算科目分类范围只包括纳入预算管理的政府收支，不包括预算外收支、社会保险基金收支。改革后，政府收支分类范围包括政府预算收支、预算外收支和社会保险基金收支。分类范围较以前完整、全面。二是调整分类办法，建立新的收支分类体系。也就是将政府预算收支、预算外收支、社会保险基金收支并在一起，按新的标准分类，设置收入分类、支出功能分类和支出经济分类。其中：收入分类主要反映政府收入的来源性质，说明政府的钱从哪里来；支出功能分类主要反映政府的各项职能活动，说明政府究竟做了什么，是办了教育，还是搞了国防；支出经济分类主要反映政府支出的具体用途，说明政府的钱究竟是怎样花出去的，是付了人员工资，还是购置了办公设备。