改革开放以来，随着社会主义市场经济体制的逐步建立和完善，政府的职能、活动范围发生了重大变化，财政的职能也应相应进行调整。如何合理调整财政的职能，充分发挥其在提供公共服务、调节收入分配、促进经济稳定增长方面的积极作用，如何建立起适应社会主义市场经济要求的有中国特色的公共财政框架，切实做到依法行政、依法理财，成为摆在我们面前的重大课题。1994年的分税制财政体制改革，从收入方面初步理顺了中央与地方间的分配关系，增强了中央财政的宏观调控能力。但是，在财政支出管理方面，旧体制所造成的预算不够统一、规范，预算软约束，财政支出效益不高等问题却日益突出，具体表现在以下几个方面:

1.预算编制内容不完整。我国《预算法》规定，“中央政府预算由中央各部门的预算组成”，“各部门预算由本部门所属各单位预算组成”。传统的功能预算，从涵盖的范围看，实际仅是财政拨款预算，核定和批复预算也只针对财政预算内资金，而对包括预算外资金、各种基金、各项事业收入在内的大量政府性资金，基本上仍由单位自行安排，游离于财政预算管理之外，并没有用预算的形式将其制度化、法制化，编制的预算涵盖的只是部分预算内容。

2.预算编制程度不细化。在传统的功能预算编制模式下，在财政部门内部，预算司编制的是按功能设定的中央本级的预算，各职能司编制的是各自分管经费的预算，预算仅停留在类、款级功能的层次;报送人大的中央预算草案也是按功能汇总的，其预算口径不直接对应于预算部门，且同一个科目涉及多个部门，不仅外行看不明白，内行也是只见树木、不见森林。因此，人大根本无法从中央预算草案中看出经费预算与中央部门工作间的对应关系，也就无从发挥监督作用。

3.预算资金使用效益不高。《中华人民共和国预算法实施条例》第三十条规定，“中央预算草案经全国人民代表大会批准后，……财政部应当自全国人民代表大会批准中央预算之日起30日内，批复中央各部门预算。中央各部门应当自财政部批复本部门预算之日起15日内，批复所属单位的预算。”但我们传统的分工把口、各管一或几项经费的做法，使得预算的编制过程进度不一、各项经费预算的编制要求也有所差异，导致预算的批复在时间上不统一，许多经费的预算都没有做到在法定的时间内批复到有关预算单位，甚至有的预算在年度已经结束、总会计已进入整理期时才向部门下达。这样既影响了《预算法》的严肃性，更主要的是部门因为预算下达时间难以把握，很难统筹安排年度事业发展计划，影响了政府资金效益的发挥。

审计署代表国务院在第九届全国人民代表大会常务委员会第十次会议所作的《关于1998年中央预算执行情况和其他财政收支的审计工作报告》（1999年6月）和全国人大常委会《关于加强中央预算审查监督的决定》（1999年12月25日通过），分别针对中央财政预算管理中存在的问题，就进一步改进和规范中央预算编制工作提出了明确的要求:“要严格执行预算法，及时批复预算”;“要细化报送全国人大审查批准的预算草案内容，增加透明度”;“报送内容应增加对中央各部门支出、中央补助各地方的支出和重点项目的支出等”。这些要求的提出，拉开了我国部门预算改革的序幕。

自此，财政部决定以贯彻全国人大的要求为契机，从改革预算编制方法着手，逐步推进我国预算管理改革。1999年7月24日，财政部向国务院报送了《关于落实全国人大常委会意见改进和规范预算管理工作的请示》。经国务院批准，财政部在广泛征求部门意见的基础上，提出了《关于改进2000年中央预算编制的意见》，开始着手实施部门预算改革。